Dzieje nauczania filozofii na poziomie wyższym sięgają w Warszawie czasów Collegium Nobilium, gdzie wykładał Antoni Wiśniewski (1746-1763), a następnie Szkoły Rycerskiej, w której logikę i etykę wykładał Marcin Nikuta (1766-1788). Wykładowcą filozofii w Królewskim Uniwersytecie Warszawskim był Adam Zabellewicz (1816-1823), wcześniej nauczający w warszawskiej Akademii Medyko-Chirurgicznej. Główną postacią filozofii warszawskiej w drugiej połowie XIX wieku był Henryk Struve, najpierw wykładowca Szkoły Głównej Warszawskiej (gdzie również wykładał historię filozofii Stefan Pawlicki), a następnie profesor rosyjskiego Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego. Na przełomie wieków wykłady z filozofii prowadził – po polsku – w ramach Uniwersytetu Latającego Adam Mahrburg, a kontynuował je w Towarzystwie Kursów Naukowych Władysław Mieczysław Kozłowski.
W okresie międzywojennym katedry filozoficzne w Uniwersytecie Warszawskim mieli: Jan Łukasiewicz (1915-1918, 1920-1923 i po 1925), Władysław Tatarkiewicz (1915-1919 i od 1923), Tadeusz Kotarbiński (od 1918) i Stanisław Leśniewski (od 1918), a także przejściowo Kazimierz Ajdukiewicz (1925-1928) i Stanisław Schayer (1926-1929). Istniały one najpierw na Wydziale Historyczno-Filozoficznym (1915-1916), przekształconym wkrótce na Wydział Filozoficzny (1916-1927), a następnie na wydziałach, które z niego powstały, tj. na Wydziale Humanistycznym (katedry Tatarkiewicza, Kotarbińskiego i Schayera) i na Wydziale Matematyczno-Fizycznym (katedry Łukasiewicza, Leśniewskiego i Ajdukiewicza). W okresie tym venia legendi otrzymali m.in. Alfred Tarski (1925), Henryk Elzenberg (1928) oraz Maria i Stanisław Ossowscy (1932 i 1933). Światową pozycję zdobyła sobie powstała wtedy wokół Łukasiewicza i Leśniewskiego Warszawska Szkoła Logiczna – będąca gałęzią Szkoły Lwowsko-Warszawskiej.
W czasie wojny m.in. Łukasiewicz, Tatarkiewicz, Kotarbiński oraz Ossowscy prowadzili tajne zajęcia w Uniwersytecie Podziemnym.
Po wojnie wznowiły działalność oba wydziały, ale zabrakło Leśniewskiego (zmarł w 1939) i Łukasiewicza (emigrował do Irlandii), a Tatarkiewicz (1950) oraz Ossowska (1952) zostali odsunięci od nauczania filozofii. Z Wydziału Humanistycznego wyłoniono odrębny Wydział Filozoficzny (1954-1965), przekształcony następnie w Wydział Filozoficzno-Socjologiczny (1965-1968). W 1951 roku powierzono Tadeuszowi Kotarbińskiemu Katedrę Logiki, którą w 1961 roku objęła Janina Kotarbińska. W 1956 roku powróciła do nauczania Maria Ossowska, obejmując Katedrę Historii i Teorii Moralności, a w 1958 roku Władysław Tatarkiewicz, obejmując Katedrę Estetyki. Po wydarzeniach w marcu 1968 roku filozofia uniwersytecka doznała gruntownej reorganizacji. Wydział Filozoficzno-Socjologiczny przemianowano najpierw na Wydział Nauk Społecznych (1968-1981), a następnie na Wydział Filozofii i Socjologii. W ramach nowej struktury wydziałowej powstał też w 1968 roku odrębny Instytut Filozofii, katedry rozwiązano, a na ich miejsce powołano zakłady.
W okresie powojennym, poza wyżej wymienionymi, filozofię w Uniwersytecie Warszawskim wykładali profesorowie: Kazimierz Ajdukiewicz, Zdzisław Augustynek, Bronisław Baczko, Marek Fritzhand, Henryk Jankowski, Andrzej Kasia, Leszek Kołakowski, Władysław Krajewski, Tadeusz Kroński, Jan Legowicz, Stefan Morawski, Elżbieta Pietruska-Madej, Marian Przełęcki, Adam Schaff, Adam Sikora, Roman Suszko, Klemens Szaniawski i Bogusław Wolniewicz.
Szczególne miejsce w Instytucie zajmuje Biblioteka Wydziału (połączona z Biblioteką PTF i IFiS PAN), zorganizowana przez Janusza Krajewskiego (1952-73), następnie kierowana przez Jana Sieka (od 1978), a od 2007 roku – przez Aleksandrę Łabuńską.